Холоденко Микола Миколайович народився у 1971 році у м. Жашкові Черкаської області.
У 1988 році закінчив з середню школу №1 м. Жашкова.
У 1994 році закінчив Національний медичний університет ім. О.О. Богомольця і отримав повну вищу освіту за спеціальністю «Лікувальна справа» та здобув кваліфікацію лікаря.
З 2019 року слухач Національної академії державного управління при Президентові України.
Трудову діяльність розпочав у 1991 р. у НДІ кардіології імені М.Д. Стражеска з посади медичної сестри відділу реанімації та інтенсивної терапії, по закінченню медичного університету — продовжив на посаді лікаря-інтерна та згодом лікаря цього ж відділу.
З 2000 року по грудень 2005 року – начальник інформаційно-аналітичного відділу «Щотижневика Аптека (ТОВ «Моріон»).
З 2005 року по грудень 2010 р. — директор Видавничого дому «Фармацевт Практик».
З 2011 року – позаштатний радник Голови Державної служби України з лікарських засобів.
З липня 2012 року — заступник начальника управління — начальник відділу інформаційно-аналітичного забезпечення центрального апарату та територіальних органів Інформаційно-аналітичного управління Державної служби України з лікарських засобів.
З 2014 р. — начальник Інформаційного управління Державної служби України з лікарських засобів, з 2019 р. — начальник Управління комунікацій Державної служби України з лікарських засобів та контролю за наркотиками.
З січня 2019 року — начальник Державної служби з лікарських засобів та контролю за наркотиками у м. Києві.
З 2014 по 2019 рік – секретар громадської ради при Державній службі України з лікарських засобів та контролю за наркотиками.