В Держлікслужбі впроваджено систему управління якістю з врахуванням вимог ДСТУ ISO 9001:2015 «Системи управління якістю. Вимоги» та рекомендацій PIC/S, зокрема вимог документу PI 002-3 «Рекомендації PIC/S щодо вимог до системи управління якістю фармацевтичних інспекторатів» (PI 002-3 «Recommendation on Quality Systems Requirements for Pharmaceutical Inspectorates»), ВООЗ TRS 902, Додаток 8 «Вимоги до систем якості національних GMP інспекторатів» (WHO TRS 902, Annex 8 «Quality Systems Requirements for National Good Manufacturing Practice Inspectorates»).
У 2018 році Держлікслужба пройшла другий сертифікаційний аудит на відповідність вимогам стандарту ISO 9001:2015. За результатами аудиту було видано сертифікат відповідності вимогам стандарту ISO 9001:2015.
02 листопада 2020 року Держлікслужба успішно пройшла наглядовий аудит на відповідність вимогам стандарту ISO 9001:2015 за результатами якого було продовжено дію сертифікату відповідності вимогам стандарту ISO 9001:2015.
Система управління якістю Державної служби України з лікарських засобів та контролю за наркотиками охоплює діяльність з організації державного контролю та безпеки лікарських засобів та медичних виробів в обігу, ліцензування та сертифікації виробництва та імпорту лікарських засобів, оптової та роздрібної торгівлі лікарськими засобами.